В 2001 году Казахстан первым из стран Центральной Азии перевел уголовно-исполнительную систему в подведомственность гражданскому министерству – Министерству юстиции Республики Казахстан, окончательно закрепив эту трансформацию в 2003 году. Новость о передаче функций и полномочий Минюста в сфере уголовно-исполнительной деятельности обратно в ведение МВД РК стала неожиданностью для общественности Казахстана. Указ Президента РК «О пенитенциарной системе» был подписан и вступил в силу 26 июля 2011 года в условиях информационного вакуума и отсутствия общественных дискуссий.
Ряд казахстанских и международных организаций выступили с различными заявлениями, в которых выразили свою обеспокоенность в связи с отклонением Казахстана от курса демократических реформ. По этому поводу высказал свое мнение Данияр Канафин, известный казахстанский адвокат, член Президиума Алматинской городской коллегии адвокатов, обладатель звания «Адвокат года – 2009», кандидат юридических наук.
— Полагаю, что передача уголовно-исполнительной системы в подчинение Министерства внутренних дел явно противоречит международным стандартам противодействия пыткам в уголовной юстиции, поскольку, согласно этим стандартам необходимо, чтобы исполнение наказаний не находилось в компетенции ведомства, осуществляющего функцию уголовного преследования. Возврат тюремной службы в МВД фактически является шагом назад в деле реформирования правоохранительных органов, указывает на усиление репрессивных тенденций и неуважение к позиции Комитета ООН против пыток и других международных институтов по этому вопросу.
В действительности эти изменения, скорее всего, не решат ни одну из проблем пенитенциарной системы, поскольку эти проблемы носят комплексный характер и являются частью общего нездоровья всего правоохранительного аппарата. Переподчинение службы исполнения наказаний силовому ведомству лишь в большей степени милитаризует процесс исправления осужденных, а это создаст еще большее напряжение внутри системы. К сожалению, есть основания опасаться того, что это по сути своей неэффективное решение негативно скажется не только на международной репутации нашей страны, но и на стабильности общества, соблюдении прав человека и законности.